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微生物有机肥和农家肥都属于有机肥的一种，而现在经常说的有机肥是指商品有机肥。
首先要区别农家肥、有机肥和微生物有机肥三种的不同。
什么是农家肥
农家肥包括动物粪便、饼粕、草木灰、酒糟、绿肥、生活垃圾等。农家肥是有机物腐熟发酵沤制的一种肥料，池塘淤泥、农作物下脚料、腐殖酸等都算农家肥。农家肥不仅含有氮磷钾大量元素，而且含有丰富微量元素，农家肥肥效长，利用率高，但肥效不如化肥来得快。农家肥施一次能管几季，深受农民喜爱，现在蔬菜水果种植上大多采用农家有机肥。
农家肥能改良土壤，增加土壤有机质，防止土壤板结，调节土壤pH值。但农家家必须充分发酵腐熟才能使用，如果不发酵腐熟，施入土壤，会二次发酵，有“烧苗”、烂根现象，同时，农家肥会携带病菌虫卵进入土壤，诱发农作物病虫害，绿肥、饼肥也要沤肥发酵腐熟才能使用。
什么是商品有机肥
有机肥为:“有控制地通过生物分解有机废弃物后得到的产物，在分解过程中产生的热量可使原材料得到无害化和稳定化以有益于植物生长，其物理性质与初始的原材料已截然不同。堆肥是一种有机质资源，其特有的性质可以改善土壤或生长基质的化学、物理和生物性质，它虽含有植物养分，但还不是一种典型肥料”。
国内对有机肥的理解是，指在人工控制和一定的水分、C/N和通风条件下通过微生物的发酵作用，将废弃有机物（主要是农业废弃物）转变为肥料的过程。通过堆肥化过程，有机物由不稳定状态转变为稳定的腐殖质物质，其产品不含病原菌，不含杂草种子，而且无臭无蝇，可以安全处理和保存，是一种良好的土壤改良剂和有机肥料。
有机肥在堆肥化过程实际上也是一种脱水工艺，而且由于其主要依赖微生物作用，不需要外部能量，因此往往具有低投入、低成本、产品增值使用等特征，受到废物处理界的欢迎。
什么是生物有机肥
生物有机肥就是在有机肥中添加了一些有益微生物菌类，目前这类肥料在市场上的交易量也是比较大的。这类肥料的有机肥载体比较多，这类肥料的质量差别比较大，主要还在于微生物菌类的有效微生物活性数量方面的差异。这类肥料也存在着添加的微生物菌类的活性不足的情况，大家在选择这类肥料的时候一定要仔细的鉴别。
对于不同的作物以及不同的土壤环境，从而选择不同的肥料类型。生物菌肥和有机肥一般可用于有机栽培。
以下是他们之间的区别生物菌肥
（GB 20287-2006）-行业标准
生物菌肥是近几年出现的一种新型的生物“肥料”，虽然叫做菌肥，但是其本质不是肥，只是通过培养的一些在土壤中有利于土壤和作物的有益菌类。
有机肥料
（NY-525-2012）-行业标准
指主要是来源于植物和（或）动物，经过发酵腐熟的含碳有机物料，其功能是改善土壤肥力，提供植物营养，提高作物品质。适用于以?畜禽粪便、动植物残体和以动植物产品为原料，并经发酵腐熟后制成的有机肥料。
生物有机肥
（NY-884-2012）-行业标准
指特定功能微生物与主要以动植物残体（如畜禽粪便、农作物秸秆等）为来源并经无害化处理、腐熟的有机肥料复合而成的一类兼具微生物肥料和有机肥效应的肥料。
如果说效果的话生物有机肥优于普通商品有机肥
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